scp -r でコピーしたらシンボリックリンクの中身を全部コピーしてしまったので、rsyncを使う事にしました。
「-l」オプションでシンボリックリンクとしてコピーしてくれるようだが、「-a」で色々よしなにしてくれる(-rlptgoD と同義)
例)user@web2の/tmp以下に"directory"を含めコピー (/tmp/directory/...)
rsync -av directory user@web2:/tmp
ちなみに
directory/ ... 中身からコピー
directory ... ディレクトリ含めコピー